В 1993 году вышла замуж за Дениса Анатольевича Мурашкевича и сменила фамилию. 14 декабря 1996 года родила дочь Алесю. В 2001 году супруги развелись.
В 2007 году на телеканале НТВ вышла передача «Главный герой. Наташа Гусева: Алиса стала взрослой» , рассказывающая о судьбе Наталии и остальных юных актёров фильма «Гостья из будущего», о роли фильма для поколения 1980-х и о культурном феномене «алисомании».
В феврале 2009 года на экраны вышел отечественный полнометражный детский мультфильм «День рождения Алисы», в котором Наталия озвучила роль капитана космического корабля.
В 2009 году вышла пятая серия («Лицо») второго сезона телесериала «Литейный», в которой Наталия сыграла эпизодическую роль телеведущей Ирины.