При всем удобстве септика, он все же не лишен ряда недостатков. Так, его все же приходится периодически очищать, разложение органических отходов происходит иногда чересчур медленно, но можно воспользоваться специальными биопрепаратами, ускоряющие процесс разложения. Так же септик не очищает воду от растворенных в ней веществ, к примеру — бытовой химии, которая, попав в септик, может разрушить тонкий биохимический баланс. Впрочем, это происходит довольно редко, и поддается быстрому восстановлению, что же касается соотношения цена/качество, то септики как класс индивидуальных очистных сооружений на сегодня вне конкуренции.