Самым первым точно известным владельцем книги был Георг Бареш (Georg Baresch), алхимик, живший в Праге в начале XVII века. Бареш, по-видимому, был также озадачен тайной этой книги из его библиотеки. Узнав, что Атанасиус Кирхер (Athanasius Kircher), известный иезуитский учёный из Римской Коллегии (Collegio Romano), опубликовал коптский словарь и расшифровал (как тогда считалось) египетские иероглифы, он скопировал часть рукописи и послал этот образец Кирхеру в Рим (дважды), прося помочь расшифровать его. Письмо Бареша 1639 года Кирхеру, обнаруженное уже в наше время Рене Цандбергеном (Rene Zandbergen) — самое раннее известное упоминание о Рукописи.
Осталось невыясненным, ответил ли Кирхер на просьбу Бареша, но известно, что он хотел купить книгу, однако Бареш, вероятно, отказался её продать. После смерти Бареша книга перешла его другу — Иоганну Маркусу Марци (Johannes Marcus Marci), ректору Пражского университета. Марци предположительно отослал её Кирхеру, своему давнему другу. Его сопроводительное письмо 1666 года до сих пор прикреплено к Рукописи. Среди прочего, в письме утверждается, что её первоначально купил за 600 дукатов император Священной Римской империи Рудольф II, который считал книгу работой Роджера Бэкона.
