Автоматическое обновление включается: открываешь Nod, слева из менюшек выбираешь Служебные программы, далее - вкладка Планировщик. Откроется расписание. Там ставишь нужные галочки, время меняешь и прочие мелочи.
В конце прошлого года и начале этого у меня тоже проблема была с автообновлениями. Хоть и галочки стояли, но не обновлялось. Если есть что-то похожее, скачайте последнюю сборку Nod32 4.2.67.10. Помогло.