Просто самая используемая область любого носителя - где лежит FAT (ну и или индекс другой дисковой системы). Если запускать с флешки, то на ней обычно создаются временные файлы (по крайней мере для MS Office), которые постоянно переписываются системой, что отражается в FAT, и снижает ресурс флеш-памяти.