Если у вас Linux и просто нету нативного фотошопа, подойдет браузерная версия... Однако браузерка использует флеш и нагружает машину сильнее нативной версии.
А так - раз система позволяет ставить нативный, надо ставить нативный.
Да и вообще, скетч потихоньку вытесняет фотошоп в области веб-дизайна. Там значительно проще и быстрее получается верстать макет. Жаль скетч есть только под макось.