Ну, если ваш контрагент может заплатить только через Яндекс, то стоит, а так особого смысла не вижу: безопасность никакая (очень многие жалуются на пропажу средств со счета), валюта только рубль (что уже неудобно для экс-СССР). Ну и вообще о популярности системы можно судить по курсу ее электронных денег. Сравнение WM и ЯД явно не в пользу последней.