Комплекс причин. И немалую роль сыграло наличие пятой колонны в РККА, которую немцы задействовали как раз на основных для себя направлениях, где у них в итоге и были основные успехи. Агентуру пришлось засветить, после чего её быстро вычислили и расстреляли, но эффект от "внезапного удара" сказывался ещё минимум 3 месяца. Там же, где командование чётко выполняло приказы из центра, например, в Одесском и Ленинградском округах, у немцев и их союзников никаких особенных успехов не случилось, в Молдавии вообще РККА контрударом отбросиа противника и ненадолго зашла на его территорию.
Согласитесь, довольно странно, когда, уже получив приказ о переходе на военное положение, командующий округом в Белоруссии и на Зап. Украине отдаёт приказы о демонтаже вооружения с самолётов и танков для их "поверки", переброске самолётов на ограниченное число аэродромов (чтобы немцам удобнее было бы разом их накрыть), не отменяет увольнительные для офицеров на выходные и делает кучу прочих очень "странных" дел, вылившихся в итоге в феерический разгром.