Судоку различаются по уровню сложности в зависимости от размера квадрата – для профессионалов существуют судоку 15х15 и 16х16 клеток. Существуют судоку, в которых указываются не отдельные цифры для каждой клетки, а сумма цифр в той или иной группе клеток: судоку разбивается на несколько прямоугольных блоков разных размеров, а внутри каждого поля указывается сумма цифр, входящих в него.
Ещё одним вариантом головоломки является судоку, у которой внутренние блоки не квадратные, а произвольной формы, но при этом они как правило включают те же 9 клеток. Для маленьких любителей головоломок делаются судоку с полями 2х2 клетки, а для любителей судоку со стажем существуют цветные судоку, где нужно расставить цифры в каждом из цветных блоков по отдельности. Существуют также диагональные судоку, в которых нет мини-квадратов, а цифры не должны совпадать в каждой строке, каждом столбце и на двух максимальных диагоналях. Встречаются и комбинации всех этих видов судоку, например, судоку с мини-квадратами и двумя максимальными диагоналями.
Сложность судоку определяется геометрией расставленных цифр, которая в свою очередь определяет ход разгадывания. В простых судоку всегда существует следующая цифра, которую можно разгадать единственным образом на основе её простого отсутствия в какой-либо строке, столбце, квадратике. В судоку средней сложности некоторые цифры, как правило, две-три, можно разгадать, сделав предположение первого уровня (из двух цифр или комбинаций). В сложных судоку уровень предположения некоторых цифр может достигать двух или трёх: 1) предположим, что, далее 2) в этом случае, предположим, что, наконец 3) на основе двух преположений, предположим, что... В самом сложном судоку в мире, составленном одним математиком, уровень предположения достигает восьми!
Этим определяется уровень.