Ну была наука во времена теологии и что дальше?
Просто тогда больше ничего не было, и наукой можно было называть любое глубокомысленное ковыряние в носу, включая философию.
Т.е. лично вы философию и то чем она занималась наукой не признаете - ваше право. Просто есть объективные вещи говорящие об обратном, а именно то- чем занималась философия и то как она этим занималась. Само определения философии говорит о многом. Философия это особая форма познания и система знаний, понятий и принципов. - Вот и все - это наука чистой воды. К этому можно добавить разве что уточнение, что задачи философии это изучение всеобщих законов развития мира и общества и изучение самого процесса познания.
И в процессах познания философия использует сугубо научные методы, в отличии от теологии она не оперирует к личностному опыту, ощущению и т.п.
Хотя надо признать философия не вписывается в научную иерархию, так как стоит выше всех остальных наук (собственной философия и создала науку как таковую, создав эмпиризм и рационализм).
Предметом исследования философии являются наиболее общие законы развития природы, общества, человеческого мышления, разработанные на основе объекта ее исследования. Объектом исследования философии является вся объективная действительность, весь материальный и духовный мир, включая самого человека. Таким образом, философия ставит своей целью познание истины путём решения дихотомии "что первично дух или материя" в пользу либо духа, либо соответственно материи.
Можно обобщить: позитивная наука отвечает на вопрос "как?", философия на вопрос "почему?". Философия занимается целепологанием, наука занимается способом решения целей философии. Философия ищет истину, а наука подтверждает её на практике. Наука сама по себе не может генерировать цели, потому что она является инструментом.