Дело скорее в том, что протестантизм ближе к иудаизму, чем к христианству. А иудеи никогда не церемонились с чужаками. Достаточно посмотреть на судьбу арабов в современном Израиле.
Логика протестантов была такова: лучшая молитва Богу - труд, если труд угоден Богу - Он дает человеку плоды труда, т.е. богатство. Т.о. деньги - признак благочестия, нищета - признак греховности. Т.к. индейцы были бедны, значит, они грешники, поскольку смысла в труде на колонистов индейцы не видели, значит, они грешники неисправимые. А таковых лучше сразу уничтожить, отправив прямиком в ад. Чем, собственно, и занимались всеми доступными способами в 17-18 вв. на территории востока США.
В Канаде, колонизацию которой вели изначально французы (католики в массе своей, т.к. гугеноты бежали в Капскую колонию, нынешнюю ЮАР) индейцы в массе своей уцелели до настоящего времени.
То же самое было и в католической Мексике, где индейцы составляют процентов 80-90% современного мексиканского этноса.
